Microbiote intestinal : quel rôle sur notre santé ?

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Notre flore intestinale, appelée désormais « microbiote intestinal », influence et reflète notre état de santé. Déséquilibrée, elle est susceptible de favoriser de nombreux troubles. Alors autant apprendre à la connaître…

illustration microbiote intestinal

Le microbiote, c’est l’ensemble des bactéries intestinales

VRAI & FAUX. Il existe plusieurs microbiotes situés dans le vagin, la bouche, sur la peau, etc. Indépendants les uns des autres, ils ont leurs propres familles de bactéries. Le plus connu est le microbiote intestinal, autrefois appelé « flore intestinale ». Il est composé de 10 000 milliards de bactéries de centaines d’espèces différentes, de champignons, et de virus humains et bactériens (bactériophages).

Le microbiote intestinal est impliqué dans de nombreuses fonctions de l’organisme, car certaines molécules produites dans l’intestin passent dans la circulation sanguine et peuvent atteindre tous les organes, y compris le cerveau.

Un microbiote déséquilibré entraîne uniquement des problèmes digestifs

FAUX. Le microbiote a effectivement un rôle clé dans la digestion. Il assure la fermentation des substrats et résidus alimentaires non digestibles, et facilite l’assimilation des nutriments. « Mais un microbiote mal équilibré n’entraîne pas systématiquement de problèmes digestifs. La digestion fait avant tout intervenir des enzymes salivaires, pancréatiques, la bile sécrétée par le foie… », précise le Pr Harry Sokol, gastro-entérologue à l’hôpital Saint-Antoine (Paris)*.

En revanche, un microbiote altéré peut jouer un rôle dans plusieurs maladies (maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, diabète, obésité, maladie de Parkinson, Alzheimer…) et avoir une influence sur les troubles de l’humeur, l’anxiété. Il peut aussi accentuer la sévérité des infections virales comme la grippe ou le Covid-19.

« L’influence du microbiote sur ces maladies reste mal connue. Il est probable qu’il soit un acteur majeur dans certains cas, et mineur dans d’autres », note le Pr Sokol.­

On peut greffer du microbiote pour soigner certaines maladies

VRAI. La transplantation fécale est aujourd’hui autorisée pour soigner les malades atteints de la colite récidivante à clostridium difficile**, une infection redoutable qui provoque une diarrhée sévère que l’on parvient difficilement à soigner. « Cette infection est liée quasiment à 100 % à une altération du microbiote, observe le Pr Sokol. Elle provoque environ 1 000 morts par an et de nombreuses hospitalisations. »

L’Assistance publique-Hôpitaux de Paris a d’ailleurs officiellement ouvert, il y a quelques mois, un centre de transplantation fécale, afin de préparer des échantillons pour les hôpitaux qui en ont besoin.

On hérite d’un microbiote à la naissance et on ne peut pas le changer

VRAI & FAUX. Les bactéries transmises de la mère à l’enfant lors de l’accouchement par voie basse représentent 90 % de celles que l’on retrouve dans le côlon du nouveau-né. Puis, le microbiote intestinal se développe progressivement jusqu’à l’âge de 3 à 5 ans. Après l’âge de 5 ans, seul l’équilibre entre les différentes espèces de bactéries évolue, en fonction de l’alimentation (fibres, additifs alimentaires…), de la prise d’antibiotiques et de notre état de santé. « Dans une moindre mesure, l’environnement et même l’activité physique peuvent l’influencer », ajoute le Pr Sokol.

Pour avoir un bon microbiote, mieux vaut limiter les fruits et légumes

FAUX. Au contraire ! Brocolis, endives, tomates et de manière générale tous les fruits et légumes sont bénéfiques. Les fibres qu’ils contiennent contribuent à la croissance des différentes espèces de bactéries. « Plus la quantité et la diversité de fibres sont importantes, mieux c’est, insiste le gastro-entérologue. On peut aussi y ajouter des aliments fermentés tels que fromage, yaourt, kéfir… »

En revanche, on évitera autant que possible les aliments ultratransformés, car les colorants, conservateurs et édulcorants qu’ils peuvent contenir agressent le microbiote. On limitera aussi les aliments trop sucrés, trop gras et l’excès de protéines animales.

* Le professeur Harry Sokol est également chercheur à l’Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm), et à l’Institut national de la recherche agronomique (Inrae).

** Du nom de la bactérie virulente responsable de cette infection, que l’on contracte essentiellement dans les établissements de santé.

« Le microbiote abrite des virus utiles pour lutter contre des infections »

Portrait Marie-Agnès Petit
crédit DR

Marie-Agnès Petit est chercheuse à l’Institut Microbiologie de l’Alimentation au service de la Santé (MICALIS) Inrae.

« Un microbiote intestinal riche et diversifié protège contre les infections intestinales. Il abrite même naturellement des virus capables de détruire des bactéries (aussi appelés « bactériophages »). Il est d’ailleurs possible d’utiliser ces bactériophages pour détruire certaines souches de bactéries devenues résistantes aux antibiotiques : c’est le principe de la phagothérapie.

Ce traitement novateur consiste à produire et utiliser des bactériophages en spray ou en gouttes directement sur le lieu d’infection. Par exemple, nous avons extrait du microbiote intestinal 150 bactériophages capables d’infecter Escherichia coli, une bactérie fréquente chez les jeunes enfants, notamment responsable de diarrhées sanglantes qui peuvent se compliquer d’atteintes rénales et neurologiques. Ensuite, nous avons cultivé ces bactériophages et avons constaté qu’ils étaient capables de détruire jusqu’à 70 % de notre panel de souches d’Escherichia coli.

Certes, ils ne remplaceront pas les antibiotiques, mais peut-être seront-ils un jour produits et utilisés pour soigner des infections à Escherichia coli, sur des souches résistantes aux traitements actuels. »

  • Isabelle Blin
  • Crédit photo : AdobeStock

3 commentaires pour cet article

  1. Philippe

    la phagothérapie n’est pas un traitement réellement novateur, elle date du début du XXè siècle et elle était utilisée avant la découverte de antibiotiques
    c’est un moyen de lutte contre les pathogènes qui revient en force actuellement, car plus sélectif que les antibiotiques

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